জেলার ৬ উপজেলায় ৩১টি মাধ্যমিক বিদ্যালয়ে প্রধান শিক্ষকের পদ শূন্য রয়েছে। ওইসব প্রতিষ্ঠানে ভারপ্রাপ্তদের দিয়ে প্রশাসনিক কার্য চালানো হচ্ছে। এতে স্বাভাবিক শিক্ষা কার্যক্রম ব্যাহত হচ্ছে।
জেলার শিক্ষা কার্যালয় জানায়, সদর উপজেলার মধ্যে মুন্সিগঞ্জ উচ্চ বালিকা বিদ্যালয়, মাকাহাটি উচ্চ বিদ্যালয়, মীরকাদিম উচ্চ বিদ্যালয়, এম এম এ খালেক উচ্চ বিদ্যালয়, রুহিতপুর উচ্চ বিদ্যালয়, শিলই হাজী মনির উদ্দিন উচ্চ বিদ্যালয়, সিরাজদিখান উপজেলার রাজদিয়া উচ্চ বিদ্যালয়, ছাতিমতলী উচ্চ বিদ্যালয়, খাসমহল বালুরচর উচ্চ বিদ্যালয়, খারসুর উচ্চ বিদ্যালয়, রাজানগর উচ্চ বিদ্যালয়, শেখরনগর উচ্চ বিদ্যালয়, সৈয়দপুর আঃ রহমান উচ্চ বিদ্যালয় ও মাস্টার আঃ রহমান একাডেমী, শ্রীনগর উপজেলার শ্রীনগর পাইলট উচ্চ বিদ্যালয়, হাসাড়া উচ্চ বিদ্যালয়, রুশদি উচ্চ বিদ্যালয়, বাঘড়া উচ্চ বিদ্যালয়, হোগলাগাঁও আবুল হামেম উচ্চ বিদ্যালয়, মদনখালি উচ্চ বিদ্যালয়, খোদাইবাড়ি উচ্চ বিদ্যালয় ও ফজলুল হক উচ্চ বিদ্যালয়, টঙ্গীবাড়ি উপজেলার সোনা রং উচ্চ বিদ্যালয়, আড়িয়ল স্বর্ণময়ী উচ্চ বিদ্যালয়, বানারী উচ্চ বিদ্যালয়, হাজী আঃ গনি আঃ করিম উচ্চ বিদ্যালয় ও চাটাতিপাড়া উচ্চ বিদ্যালয়, লৌহজং উপজেলার মধ্যে নওপাড়া উচ্চ বিদ্যালয় এবং গজারিয়া উপজেলার গজারিয়া পাইলট উচ্চ বিদ্যালয় ও ভবেরচরের উচ্চ বিদ্যালয়ের প্রধান শিক্ষকের পদ শূন্য রয়েছে।